Рилският манастир е един от най-значимите културни паметници в България, символ на страната, включен в списъка за световното наследство на ЮНЕСКО. Основан през Х век от Св. Йоан Рилски Чудотворец в горното течение на Рилска река, днес той е български ставропигиален манастир, т.е. той е под пряката юрисдикция на върховната църковна власт в България – Светия синод.
Сегашният манастир се намира в близост до село Пастра – недалеч от мястото на първоначалното му изграждане. Покрай него тече Рилска река. Това е най-големият манастир в България – пет етажа, като видими са четири от тях. Тази особеност на сградата се обяснява с ограниченията, наложени от османската власт през 1834 г., когато са строени сегашните сгради. В партерния етаж е разположен музеят.
Манастирът "Свети Йоан Рилски“ е построен на мястото на стара постница през 927-941 г. от Св. Йоан Рилски Чудотворец (според някои автори – от неговите ученици) в Рила планина. В двора на днешния манастир през 1335 г. е издигната отбранителна кула и малка еднокорабна черква от местния феодален владетел протосеваст Хрельо. Кулата е най-старата запазена сграда в манастирския комплекс и по стил принадлежи към архитектурата на Търновската художествена школа. На върха й се намира параклисът "Свето Преображение" с ценни фрески от 30-те години на XIV век.
Цар Иван Шишман (1371-1393 г.) издава на 21 септември 1378 г. Рилската грамота, подписана и подпечатана със златен печат, с която дава на манастира като феодални владения 20 села, заедно със землищата им.
Още през 1402 г. османското правителство нарежда на кюстендилския кадия да потвърди съществуващите от по-рано права на обителта. Данъчен регистър от 1520-1521 г. изрежда поименно 21 живеещи там монаси. През 1469 г. с помощта на Мара Бранкович мощите на Св. Йоан Рилски са пренесени обратно от Търново в Рилския манастир.
Още с основаването си манастирът става книжовно и просветно средище. Голяма педагогическа дейност в него развива Неофит Рилски, който през Възраждането основава тук килийно училище. Манастирът дава подслон на велики български революционери, сред които Васил Левски, Ильо войвода, Гоце Делчев, Пейо Яворов и други.
През 1778 г. манастирът "Св. Йоан Рилски" става жертва на стихиен пожар. Възобновен е през 1784 г. от Алекси Рилец, който през 1816-1819 г. проектира и строи източното, северното и западното крило. Значителна част от манастира е опожарена отново през 1833 г., като възстановяването му отново е извършено от Алекси под ръководството на тогавашния игумен Йосиф Строителя. През 1840 г. е изработен нов иконостас на църквата от Петър Филипов, Антон Станишев и Димитър Станишев.
Според свидетелства на посетили манастира през 1862 година американски мисионери, там има 350 монаси, а в навечерието на Великден в него пребивават и 400 гости.
Днес манастирските крила, изградени по различно време на четири и пет етажа, заобикалят от всички страни единствения двор във форма на неправилен петоъгълник.
През 1976 г. манастирът става национален исторически резерват, а от 1983 г. е културен паметник под егидата на ЮНЕСКО. С Постановление на Министерския съвет № 75 от 29 април 1991 г. се възстановява монашеският статут на Рилския манастир. А на 3 май същата година Великото Народно събрание със закон отменя указа от 1961 г. за прекратяване на всякаква църковна дейност в това свято място.
Рилският манастир, в т.число Хрельовата кула, църквата, манастирските сгради и църквата "Свети Лука" са обявени през 1927 г. за "народна старина" (Държавен вестник, бр.69 от 1927 г.).
През 1968 г. Хрельовата кула е обявена за архитектурно-строителен паметник на културата от Средновековието.
На седмата сесия на Комитета за световно наследство към ЮНЕСКО, проведена от 5 до 9 декември 1983 г. във Флоренция (Италия), Рилският манастир е обявен за обект на световното културно наследство. В библиотеката му се пазят ръкописи, старопечатни книги, документи от XIV до XIX век, а в музея има над 380 старинни предмети, като черковна утвар, жезли, икони, оръжия, монетна колекция и други от живота на монасите. Едни от най-интересните експонати в музея са първият географски глобус у нас, изработен през 1836 г. от Неофит Рилски за манастирското училище и Рафаиловият кръст.
През 1992 г. Рилският манастир, Гробът на Св. Йоан Рилски, включващ църквата "Успение на Св. Йоан Рилски" и постницата Св. Йоан Рилски, Скитът "Свети Лука", включващ църквите "Свети Лука" и "Свети Покров Богородичен" и килийното училище, метохът "Орлица" с църквата "Св. св. Петър и Павел", и църквата "Успение Богородично" са обявени за групови архитектурни, исторически и художествени комплекси от национално значение, а метохът "Пчелино" за групов архитектурен и исторически комплекс от местно значение.
Днес Рилският манастир е сред Стоте национални туристически обекта на Българския туристически съюз. Открит е за посещения от 8 до 18 ч. всеки ден, а печатът се намира в музея на манастира. Правенето на снимки в църквата и музея на манастира е забранено. Разрешено е снимането в двора на манастира.
Рилският манастир има статут на отделно селище с население (по настоящ адрес) от 58 жители.
Няколко значими личности в българската история са погребани в манастира. Гробът на Цар Борис ІІ е в църквата "Рождество Богородично". В същата царква е погребан и Неофит Рилски.
Джеймс Дейвид Баучер (James David Bourchier) – ирландският журналист, кореспондент на Балканите и застъпник за българската кауза е погребан в близост до Рилски манастир.
Тук почиват тленните останки и на протосеваст Хрельо, на Георги Юрий Славчев, на Васил Вазов и на митрополит Симеон Западно и Средноевропейски, погребан в монашеското гробище на Рилския манастир.
