Родният дом на третия български екзарх беше обявен за публична продан от съдия-изпълнител. За да предотврати възможността това важно за историята на Църквата и държавата място да бъде използвано не съобразно духовната му стойност и предназначение, Пловдивската митрополия участва в търга и успя да го спечели. Идеята е родният дом на Екзарх Стефан да бъде превърнат в музей на неговите живот и дело. Съдействие на Митрополията са обещали наследниците на екзарха, както и местните власти.
До продажбата на имота му се стига след дела за реституционни претенции. Първоначалната цена, обявена от съдия – изпълнител е била около 140 хиляди лева като Пловдивската митрополия я купува за около 65 хиляди лева. До 89-та година къщата на Екзарха е била туристическа спалня.
През 1921 г. Стефан е ръкоположен за Маркианополски епископ а през 1922 г. е избран за Софийски митрополит.
На този пост служи 26 години. През 1943 г. активно участва в движението за спасяването на българските евреи. От 1944 до 1945 г. е наместник-председател на Светия синод.
На 21 януари 1945 г. е избран за български екзарх, а на 22 февруари същата година е вдигната схизмата на Българската православна църква. Заради несъгласието си с политиката на комунистическата власт и нейното отношение към религията, на 6 септември 1948 г. е принуден да подаде оставка като български екзарх.
На 24 ноември 1948 г. е интерниран в село Баня, Карловско, където и умира през 57-ма година.
Екзарх Стефан е погребан в главната църква на Бачковския манастир, „Успение Богородично“.
