Наложената от Европейската комисия теза, че с използването на биогорива могат да се намалят с поне 38% изхвърляните в атмосферата вредни емисии, в сравнение с тези, отделяни при изгарянето на традиционните горива, е напът да бъде опровергана. Двама германски учени от университета Фридрих Шилер в Йена, направиха експеримент, в който използват същата схема за изчисления, както и комисарите, при установяването, че биодизелът намалява с повече от 35% вредните газове. На базата на тези резултати комисията издаде директива през 2009-а използваната енергия от възобновяеми източници да нарасне до 2020-а до поне 10% от цялото произвеждано количество. Учените Гернот Пехнелт и Кристоф Витце обаче доказват, че в осем от 12 опита биодизелът не успява да постигне 35% по-малко вредни емисии и в почти всички опити това ниво е под 30 на сто.
Германските експерти заявиха, че са използвали публично достъпна информация за техния анализ, но се оплакаха, че ЕС е отказал да предостави цялата си налична информация. Брюксел вече беше обвинен в липса на прозрачност и от неправителствени организации като ClientEarth . Според членовете й може да се направи прост и неизбежен извод, че данните на Евросъюза за намаляването на вредните емисии са значително преувеличени и че те са по-скоро политически, отколкото научни.
Заключението на изследователите от Германия идва в момент, когато беше внесено предложение да бъдат намалени разрешените въглеродни емисии за новите автомобили в общността до 95 г/км.
Говорител на Еврокомисията защити данните на Брюксел, изтъквайки, че числата, приети като водещи стойности, са резултат от цялостен процес и включва мненията на световни експерти. Освен това те били свободно достъпни. Но според Пехнел и Витце налаганата природосъобразност на биодизела е най-малкото спорна и в голяма степен неоправдана.
