На 5 септември 1944 г. е подписан договорът между Белгия, Нидерландия и Люксембург за учредяване на Бенелюкс, но е уточнено, че той ще влезе в сила от 1 януари 1948 година. Името му най-вероятно е въведено през 1946 г. и идва от първите букви на страните членки. Официалните езици са нидерландски (заради Нидерландия и Фландрия) и френски (заради Белгия и Люксембург).
В договора се предвижда създаването на митнически съюз, като заложената крайна цел е постигането на пълен икономически съюз – свободно движение на стоки, услуги, капитали и хора в рамките на съюза. След края на Втората световна война, на 16 март 1948 г., се подписва Брюкселският договор между страните от Бенелюкс, Франция и Англия. С него те взимат общо решение да се защитават взаимно от СССР, който в началото на 1948 г. спомага за осъществяването на комунистически преврат в Чехословакия, което развързва ръцете на новата американска външна политика, като през април 1949 г. се подписва Северноатлантическият договор (НАТО).
Съюзът Бенелюкс е използван по-късно като модел за сключването на трите европейските общности с икономическа насоченост – Европейска общност за въглища и стомана, Европейската икономическа общност и ЕВРАТОМ. Главните цели на договора са продължаване и разширяване на сътрудничеството между страните от Бенелюкс в широкия европейски контекст. Освен това се предвижда засилване на сътрудничеството на Бенелюкс с други европейски държави или регионални структури на тези държави. Основните теми, върху които се фокусира съюзът, са икономически съюз и вътрешен пазар, правосъдие и вътрешни работи, и устойчиво развитие.
Договорът за икономически съюз между страните от Бенелюкс се сключва на 3 февруари 1958 година.
От 27-милионното население на Бенелюкс: 83% са нидерландско говорещите, или 22.5 милиона души, разпределени – 16.5 милиона в Нидерландия и 6 милиона фламандци в Белгия. Освен това 17% са франкофоните, или 4.7 милиона души, разпределени – 4.2 милиона в Белгия и 0.5 милиона в Люксембург.
Държавите от Бенелюкс са тясно свързани – имат близки културни, географски и социални връзки от стотици години. Те са и монархии. Териториите им са били последователно под испанско и австрийско владение. Историческите връзки обуславят и последвалото икономическо сътрудничество. През ХХ век Белгия и Люксембург получават своята независимост и бързо разбират, че имат нужда да бъдат икономически съюзници. На 25 юли 1921 г. е подписано Белгийско-Люксембургското икономическо обединение. То се счита за предвестник на Бенелюкс.
Географското разположение на Белгия, Холандия и Люксембург се оказва неблагоприятно за страните по време на Първата и Втората световни войни. Заради последствията от войните: разрушения, икономическа стагнация и множество човешки жертви, през септември 1944 г. трите правителства в изгнание започват да подготвят план за икономическо сътрудничество и взаимопомощ: те се съгласяват да премахнат митниците по общите си граници и да обявят обща цена за стоките, влизащи от страни не членки на Бенелюкс.
Договорът между страните от Бенелюкс е подновен на 17 юни 2008 г. и в него представляващите институции са редуцирани до пет: Комитет на министрите, Съвет на Бенелюкс, Парламент на Бенелюкс, Съд, Главен секретариат и Агенция за интелектуалната собственост.
