На днешния ден през 1900 г. е създаден футболният клуб "Байерн" (на немски: FC Bayern Munchen) в Мюнхен, столицата на провинцията Бавария.
Отборът е основан от членове на Гимнастически Клуб Мюнхен. Той играе първите си мачове в местната Баварска Лига. Първият по-голям успех на "Байерн" идва през 1926 г., когато става шампион на Южна Германия, а успехът е повтоторен отново две години по-късно. Първата им титла е спечелена през 1932 г. след победа над "Айнтрахт" – Франкфурт с 2:0 на финала.
С повишаването на подрепата за националсоциалистическата работническа партия се слага край на развитието на клуба, защото президентът (Курт Ландауер) и старши треньорът на "Баварците", както и много от играчите са евреи. Клубът е заклеймен за еврейски (Judenclub), което попречва на развитието му.
"Байерн" е най-успешният немски клуб и един от петте най-големи отбори в света, с десет финала за Купата на европейските шампиони.
По годишен оборот за финансовата година към сезон 2013/14 "Байерн" – Мюнхен е на трето място в света и на първо в Германия с рекордния оборот от 528.7 млн. евро.
През 1963 г. Оберлигите били разформировани и се сформирала Първа Бундеслига. Баварците били пренебрагнати от първоначалния състав, но си спечелили промоция в нея две години по-късно с тим, пълен с млади таланти като Франц Бекенбауер, Герд Мюлер и Сеп Майер – бъдещите звезди на "Байерн" и Германия.
През първият си сезон в Бундеслигата отборът завършва трети и печели втората си купа на страната. На следващата година (1967) правят първото си европейско участие в Купата на носителите на купи. Те печелят първият си европейски трофей след победа в драматичен финал над шотландския "Рейнджърс", на който Франц Рот отбелязва решителния гол в продълженията. Същият сезон отборът от Мюнхен печели трета купа на Германия, но малкият прогрес сменя треньора като на поста идва Бранко Зебек. Той превръща отбора в дисциплинирана машина и става първия треньор направил дубъл – титла и купа на Германия през 1969 година.
През 1970 идва друг треньор на мястото на Зебек – Удо Латек, който подготвя най-успешното десетилетие за "Байерн". След като печели Купата на Германия през първият си сезон през втората си година начело печели трета титла след драматичен мач срещу "Шалке 04", който е първият мач на новият Олимпийски стадион, а също и първият от Бундеслигата предаван по телевизията. Баварците печелят този мач с 5:1 и така затвърждават титлата и няколко рекорда като този за най-много голове в един сезон. "Байерн" печели и следващите две титли, но зенитът на отбора е през 1974-а, когато на финала на Купата на европейските шампиони побеждават испанският шампион "Атлетико" – Мадрид с 4:0 в преиграването. На следващата година "Баварците" не се представят убедително на местно ниво, но защитават Европейската си титла след финал срещу английския "Лийдс Юнайтед" след голове на Мюлер и Рот. През 1976 година отборът побеждава френския шампион "Сент Етиен" на финала в Глазгоу, отново след гол на Франц Рот. Най-големият успех на това поколение идва същата година с финала за Междуконтиненталната Купа, спечелен срешу бразилския "Крузейро".
В новото хилядолетие Байерн печели още две титли от Шампионска лига. На 23 май 2001 г. баварци играят финал в Рим с испанския "Валенсия". След равенство в редовното време и продълженията, германците са по-точни при изпълнението на дузпите и печелят с 5:4. Петата титла е спечелена в сезон 2012/13, когато два немски отбора си оспорват победата в Шампиноска лига на финала в лондон. "Байерн" надиграва "Борусия" от Дортмунд с 2:1 с голове на Манджукич и Ариен Робен.
Отборът е абсолютен рекордьор по отличия в Германия и един от най-добрите в Европа. "Байерн" е един от четирите отбора, които са печелили и трите големи титли на УЕФА (Шампионска лига, Купа на носителите на купи и Лига Европа).
Той е и последният отбор спечелил три поредни издания на Купата на европейските шампиони, затова получава трофея завинаги, а освен това има и право да носи значка отбелязваща множество победи на турнира.
"Байерн" е единствения отбор в Германия който прави дубъл десет пъти (Шампион на Германия, Купа на Германия). "Баварците" са единственият отбор в Германия който постига требъл (Шампион на Германия, Купа на Германия и Шампионска лига).
