Предложените от Министерство на околната среда и водите промени в Закона за биологичното разнообразие трябва да бъдат оттеглени и внимателно преработени, поради съществени противоречия с Конституцията на България и с европейското законодателство. За това настояват от коалицията от неправителствени организации "За да остане природа в България". Академичната и научна общност на БАН и университетите също настояват за промени в закона.
Пред януари МОСВ обяви обществено обсъждане на законопроекта, което ще приключи на 8 февруари. Основният мотив за промените е създаване на органи за управление на защитените зони от мрежата "Натура 2000". Паралелно с уреждането на въпроса с органите за управление, министерството обаче предлага пълна подмяна на цялата концепция за обявяване и управление на защитените зони. Според природозащитниците новата структура ще дублира дейности на съществуващи вече държавни структури като дирекциите на националните и природни паркове. Друг съществен проблем е, че министерството предлага предоставянето на първични данни за видове и местообитания да става задължително "преди тяхното използване за изготвянето на частни и официални документи", което, според природозащитниците, е в противоречие с редица закони. От организацията напомниха, че за създаване на концепция за управлението на "Натура 2000", което проектът за Закон за биологичното разнообразие трябва да регламентира, екоминистерството е употребило близо 1 млн. лв европейски средства от оперативна програма Околна среда 2014 – 2020. За природозащитниците резултатът показва "за съжаление предварително дефинирани решения, което се оказа само безсмислено харчене на пари на европейския данъкоплатец".
Категорично несъгласие изразиха и от Националния природонаучен музей, заради заложеното императивно намерение данни от проучвания на "Натура 2000" по проекти да се предоставят първо на държавата – безплатно и в първичен вид т.е. без анализ на експерти.
Институтът по биоразнообразие и екосистемни изследвания алармира, че предлаганите текстове предвиждат премахване на забрани, режими и ограничения в заповедите за обявяване на Специални защитени зони – "Заповедите за обявяване на защитените зони по Директивата за местообитанията са документът, с който те стават Специални защитени зони. Те са най-важният документ за функциониране на зоните, като част от националната екологична мрежата Натура2000 и за тяхното управление. В предложения законопроект се отхвърля възможността в заповедите за обявяване да се налагат забрани, режими и ограничени върху дейности, които директно вредят и унищожават видове и местообитания. Оставя се възможност Министърът на околната среда и водите да въвежда при нужда такива".
На 24 януари Европейската комисия призова България да спазва задълженията си съгласно правилата на ЕС за опазването на естествените местообитания и защитените видове, включени в мрежата „Натура 2000“. От Брюксел бе изпратено официално уведомително писмо до България.
Държавите членки трябва да определят териториите, включени в списъка ЕС на териториите от значение за Общността, като специални защитени зони (СЗЗ), припомнят от ЕК. Страните членки на Съюза също така трябва да установят необходимите мерки за опазване с цел поддържане или възстановяване на защитените видове и местообитания в благоприятно състояние.
Тези действия трябва да бъдат осъществени в срок от 6 години от включването на тези територии в списъка на ЕС като територии от значение за Общността (ТЗО). Това са основни изисквания за опазване на биологичното разнообразие в ЕС.
България е определила само 9 от 230 територии от значение за Общността за специални защитени зони в рамките на изисквания срок. Като цяло и трайно страната ни не е определила специфични за териториите подробни цели и мерки за опазване за всяка от тях.
България разполага със срок от два месеца, за да отговори на доводите на ЕК. В противен случай Брюксел може да реши да изпрати мотивирано становище.